二贤庄卖马，秦叔宝得以相识二贤庄庄主单雄信，单雄信盛情款待，让叔宝在二贤庄精心养病八个月。离别时单雄信为其黄膘马配上了金镫银鞍，并以潞绸、重金相赠，从此二人结下莫逆之交。

秦琼回历城县后，一次为兄弟两肋插刀,替人顶罪，知县蔡有德宣判秦琼发配北平城。北平王罗艺是秦琼姑父，一日秦氏夫人告知罗艺自己做梦梦到哥哥秦彝的儿子乳名叫做太平郎，就在北平。于是罗艺在秦胜珠的叮嘱下，审讯秦琼，询问身世，秦琼如实说后，秦氏夫人哭着出来，与秦琼相认。秦琼得以在罗艺帐下任职。

秦琼和罗艺的儿子罗成钻研武艺，一日同在花园内演武，罗成与秦琼相互传授枪法、锏法，二人相互赌咒盟誓，以示倾囊相授，没有隐瞒，但最后秦琼向罗成隐瞒了杀手锏，罗成也没将回马枪教给秦琼。

离开北平府后，秦琼又辗转被杀父仇人靠山王杨林所赏识，成为杨林手下的十三太保。

而后秦琼行走江湖所结识的好友及北平府罗成、张公瑾等人一同来历城县给秦琼母亲祝寿，却因为程咬金劫皇纲事泄漏，被杨林抓获，秦琼等救出程咬金后决定起义反隋，并于贾柳楼结义。

在徐茂功的建议下，秦琼单雄信等袭取瓦岗寨，以瓦岗为根据地，正式揭竿起义。程咬金称混世魔王、大德天子，秦琼为兵马大元帅，徐茂功为护国军师。

瓦岗后来因为新君主李密用玉玺换萧妃，搞的众将士离心离德，秦琼程咬金等离开瓦岗到了洛阳。

因见王世充为人奸诈，于是设计离开，投奔到李世民帐下。

随李世民东征西讨，统一天下，被李渊封为护国公。后参与玄武门事变，助李世民登上帝位。

唐太宗李世民御驾亲征北番，被称为智将的秦琼是唐军的元帅。

当北番挑衅唐军之时，秦琼率领三军战将扫北而来，初期的唐军还是非常顺利的，后来却中了埋伏被困于木阳城中。

幸得罗成之子罗通勇夺二路元帅帅印，率兵解围，在众将的齐心协力之下杀败了北番军兵。

东辽叛乱，秦琼为了和尉迟恭争夺帅印，在金殿上力举石狮子，最终力竭重伤，几个月后便病故身亡了。

程咬金和夏景天两个人一起出了医馆。