袁尚等人逃奔割据平州的公孙康。这时，有人劝曹操乘势进击公孙康，曹操说：“吾方使康斩送尚、熙首，不烦兵也。”遂率军还师。不久，公孙康果然斩杀袁尚、袁熙，并将其首级献与曹操。诸将不明所以，曹操说：“彼素畏尚等，吾急之则并力，缓之则自相图，其势然也。”于是，曹操攻破三郡乌桓，也彻底肃清了袁氏势力。[]
十一月，曹操行至易水，代郡乌丸行单于普富卢、上郡乌丸行单于那楼率其部下名王来贺。
建安十三年（公元208年），曹操开辟玄武池训练水军。六月，曹操废三公，恢复丞相制度，自任汉朝丞相。曹操基本平定北方后，兵锋转而南向。七月，进军南征荆州牧刘表。八月，刘表病死，其子刘琮接任。九月，曹操大军进至新野，刘琮以为无法抵挡，举荆州之众投降曹操。
曹操进军江陵后，下令荆州官民，“与之更始”，同时封降服者十五人为侯，任刘表大将文聘为江夏太守，引用荆州名士韩嵩、邓义等。益州牧刘璋也遣使向曹操致敬[] ，并开始接受征役，派兵充实曹军。[]
这时，官渡之战后投奔刘表的刘备屯驻于樊城（今湖北襄樊），听说刘琮投降，便率军向江陵（今属湖北）撤退。江陵为荆州重镇，存有大量军用物资。曹操听说，怕江陵落入刘备之手，遂亲率五千骑兵从襄阳（今湖北襄樊）疾驰三百里，在当阳长坂（今湖北当阳东北）将刘备追上，大破其军，随后进占江陵。
曹操在击溃刘备后，乘势想一举鲸吞江东。孙刘两军在鲁肃和诸葛亮等人的努力下，结成联盟，孙权命都督周瑜率军三万[133] ，与刘备的两万人马组成联军抵抗曹操。曹操自江陵东下，至赤壁（今湖北武昌西赤矶山）与孙、刘联军接战不利，暂驻军于乌林（今湖北洪湖东北），周瑜等人在南岸[] ，双方隔江对峙。周瑜用诈降之计，命大将黄盖率小战船十艘，上装柴草，灌以膏油，船头钉上大钉，假称投降，向北岸而进，至离曹营二里之处时，各船一齐点火，然后借助风势，直向曹军冲去，曹军大败，舟船被烧[] 。曹操率军从华容道（今湖北监利西北）陆路撤回江陵。撤军北还。
建安十四年（公元209年），周瑜攻取南郡，孙权借南郡予刘备，孙刘联盟进一步得到巩固。为防范孙权，曹操强制内迁淮南的民众，引发江淮十余万户百姓惊慌，使其尽皆渡江归附孙权。同时，为稳定内部，曹操下令“死者家无基业不能自存者，县官勿绝廪，长吏存恤抚循”。同年还亲临合肥，设置了扬州郡县的长吏，修治芍陂屯田。年底回到谯。[]
赤壁之战后，天下三分的局势已经奠定。自此以后，曹操虽时有征伐，但主要精力用在经营曹氏势力之上。[
建安十五年（公元210年）春，曹操下《求贤令》，提出不拘品行、唯才是举的用人方针，目的是尽量把人才收罗到自己身边。同年冬，修建铜雀台。[]
建安十六年（公元211年）正月，曹操的三个儿子被封为县侯，世子曹丕成为五官中郎将，设置官属，为丞相副。太原人商曜以大陵起兵，曹操遣夏侯渊、徐晃将其击破。
三月，曹操遣司隶校尉钟繇讨伐汉中（治南郑，今陕西汉中东）张鲁，并令夏侯渊等出兵河东，与钟繇会合。[] 西征汉中要经过关中，关中诸侯马超、韩遂、杨秋等十部心生疑惧，一时俱反。曹操立即派大将曹仁讨伐他们，马超等人屯据潼关，曹操对诸将说：“关西兵勇敢强悍，你们坚守不得与他们交战。”[
七月，曹操率大军亲征关中。八月，曹操到达战场，与马超的军队隔着潼关对峙。曹操拖住马超的部队，暗中派徐晃、朱灵等将乘天黑渡过蒲阪津，占领河西，安营扎寨。闰八月，曹操在潼关北面强渡黄河，渡了一半，马超赶来，猛攻曹军船只。校尉丁斐见情况危急，放出大批牛马引诱贼兵，敌军争抢牛马，队形大乱，曹操才得以渡过黄河，沿河边向南修筑通道。敌军败退，占据渭口抵抗，曹操多设疑兵，暗中用船将部队送入渭水，架设浮桥，乘夜分兵在渭水南岸扎营。敌军于夜间偷袭曹营，曹操派伏兵将他们击败。马超等人驻守渭南，派人送信，以割让黄河以西为条件求和，曹操不许。九月，进军渡渭水，马超等人多次挑战，曹操并不应战；马超等人再三请求割地，并让自己的儿子做人质求和，曹操听从贾诩之计，假意答应。韩遂请求与曹操会面，曹操与韩遂的父亲同一年被举为孝廉，又与韩遂是平辈，因此两人马靠马在阵前谈了很长时间，不谈军事，只叙朋友旧事，说到高兴处，二人拍手大笑。会见结束后，马超问韩遂：“曹公说了些什么？”韩遂回答：“没说什么。”于是马超等人对他产生了猜疑。后来曹操又和韩遂等人阵前见面，众将劝道：“您和敌人见面交谈，不可大意，可设木行马防备敌军。”曹操照办。两军见面，敌将都在马上向曹操行礼，秦、胡士兵都来看曹操，前后数层。曹操大笑着对他们说：“你们想看曹公吗？他也是个人，没有四只眼睛、两张嘴，只是多了点智慧而已！”胡人前前后后挤上来看。曹操又列五千铁骑为十重阵，铠甲精光耀日，敌军更加震恐。过了几天，曹操又给韩遂写了封信，上面故意涂改许多地方，假装成是韩遂改的，马超等人因此对韩遂越来越怀疑。于是曹操与他们约定日期会战，先用轻兵挑战敌军，打了很长时间后，曹操派出精锐骑兵夹攻，大败关中联军。韩遂、马超败走凉州，杨秋则逃回安定，曹军阵斩成宜和李堪等叛将，关中自此平定。[