伊利汗国在西亚上承阿拉伯帝国、花剌子模帝国和塞尔柱帝国，下启帖木儿帝国、萨法维帝国和奥斯曼帝国，在世界史和中国史上占有十分重要的地位。

察合台汗国为成吉思汗次子察合台的封地，都城位于新疆霍城东北的阿里麻力。鼎盛时期疆域东起吐鲁番、罗布泊，西至阿姆河，北至塔尔巴哈台山，南至兴都库什山。

蒙哥大汗死后，成吉思汗家族内部爆发了长期的争夺汗位的斗争。忽必烈、阿里不哥、海都等都企图占据察合台汗国，该地区成为角逐之地。察合台汗国长期处于混乱动荡状态。

1346年，察合台汗国分裂为西察合台汗国和东察合台汗国。西察合台汗国以撒马尔罕为中心，统治河中地区。

东察合台汗国以阿力麻里为中心，统治南疆地区喀什、吐鲁番一带。1418年，迁都到伊宁的亦力把里。东察合台汗国也称亦力把里国。

西察合台汗国长期处于混乱动荡中。1370年，西察合台汗国合不勒汗逝世，蒙古贵族帖木儿夺取西察合台汗国政权，建立帖木儿帝国。

东察合台汗国蒙古贵族各部长期各自为政，互相攻杀。

1514年，东察合台汗国满速尔汗的三弟赛依德建立伊斯兰教地方政权叶尔羌汗国，首府叶尔羌，叶尔羌又名莎车。

叶尔羌汗国建立后，东察合台汗国分裂为占据喀什、阿克苏、和田等南疆大部分地区的叶尔羌汗国，以及占据吐鲁番、哈密的东察合台汗国正支汗统吐鲁番汗国。

叶尔羌汗国的势力逐渐渗入伊犁河谷、巴尔喀什湖、巴达克山、帕米尔高原南部的瓦罕地区、克什米尔，并一度深入到巴基斯坦俾路支地区。

1570年，叶尔羌汗国的第三代汗阿不都克里木占领吐鲁番、哈密等东部地区，重新统一西域，吐鲁番汗国灭亡，东察合台汗国正支汗统结束。

叶尔羌汗国鼎盛时期人口约70万，疆域东起嘉峪关，南至西藏，西南至克什米尔，西至费尔干纳盆地与布哈拉汗国为邻，北至巴尔喀什湖以东以南地区。包括伊赛克湖地区、费尔干纳盆地、巴达克山地区、帕米尔高原南部的瓦罕地区以及吐鲁番、哈密等吐鲁番盆地地区。

1594年，赛依德的孙子阿不杜热依木，在吐鲁番建立政权，统辖东起哈密西至拜城之间的塔里木盆地的北缘地区，并一度越过天山，使准噶尔盆地以东的七个小汗国臣服。叶尔羌汗国开始分裂，衰败自此开始。

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1627年，阿不杜热依木之子阿不杜拉继位。阿不杜拉带领吐鲁番军队再次统一叶尔羌汗国，并使哈密臣服。