之后清强迫汉族人民剃发易服，左懋第随员中有人剃了发，左懋第立即令人将他杖毙。

清廷以擅杀人命的罪名将他逮下刑部，次日摄政王召见左懋第，左懋第丧冠白袍南面坐于阶下不拜亦不语。

摄政王还不放弃劝降的企图，令明朝降官逐个劝说，有个降官说：“左先生何不知兴替？”

左懋第鄙夷地瞟了他一眼说：“兴替，国运之盛衰，廉耻，人臣之大节。先生知兴替，知不知廉耻？”一句话说的再也没人敢作声了。

摄政王说：“尔是明臣，为什么食清粟半载而不死？”左懋第说：“是你们夺了我大明之粟，何曰我食尔粟？

我国家遭此大难，并不是亡国亡种，你不要高兴得太早。我左懋第今日只有一死，何必多言！”

弘光元年，闰六月二十日，清政府终于决定将他杀害，遂被押往菜市口。在刑场上，清摄政王多尔衮再次劝降，左懋第坚贞不屈不为所动，时年四十五岁。

左懋第就义后，人们发现了他在太医院写下的绝命词：“峡坼巢封归路回，片云南下意如何？寸丹冷魄消磨尽，荡作寒烟总不磨！

他是这个时代着名政治家、外交家，民族英雄，因他富有民族气节宁死不肯投降满清，被人民誉为明末的文天祥。

因此，在以后与其他国家沟通谈判之事都可以交给他来总理，现在嘛，也可以把它放在其他重要的位置。

除此之外，还有袁继咸因拒绝降清以身殉国，民族气节为后人所敬仰，曾与文山（文天祥）、叠山（谢枋得）并称为江右三山。”

崇祯听后大为感叹：“这些人都是我大明的忠贞之士，定要大用之，朕相信我大明定能中兴的。”

此时王承恩已经回来了，遂对王承恩道：“大伴，让左懋弟入京，职衔再定，总督袁继咸加太子少保。

蒙萌其一子为锦衣卫百户，若年少入国子监读书，另外，孙沈左袁四人妻母封二品浩命。

在其家乡修石坊，朕要让他们光宗耀祖，要让天下所有人都知道，凡我大明忠贞之士，我大明必会厚待。

对了，沈延扬就以其在松锦之战所做之事为由吧。”