内阁不能直接指挥六部，只能通过票拟建议皇帝来间接影响六部事务，无权直接干涉。

另外还由皇帝的亲信太监组成司礼监。

司礼监太监作为皇权的延伸，代为行使批红之权，内阁的票拟必须经过司礼监太监的批红才能生效。

司礼监无权干涉内阁上呈的票拟，内阁也无法左右司礼监的批红决定。

双方之间互相制衡，互相监督，极大分担了皇帝的执政压力。

同时明朝还设立了都察院和锦衣卫。

都察院可以纠劾百官，辩明冤枉，提督各道，为天子明面上的耳目风纪之司，拥有广泛的监察权，内阁官员自然也在其监察范围之中。

锦衣卫则是天子暗中的耳目。

同样有监视官员的权力，他们可以暗中调查官员是否有结党营私、贪污腐败等不法行为。

并通过安插密探或线人等方式，收集朝廷上下、京城内外的各种情报。

锦衣卫还有自己的镇抚司，可以跳过正常司法程序审讯嫌疑人，有独立的监狱。

执法效率很高，但权力较容易被滥用，以严刑逼供来获取口供是较为常见的情况。

对于封疆地方的官员还根据三大职权划分为了三司。

承宣布政使司掌管地方上的户籍管理、人口统计、基层组织建设、财政收支、官员考核任免建议。

提刑按察使司掌管司法审判、监察官员和司法管理。

都指挥使司作为地方军事总机构，负责指挥和管理本省的卫所军队，包括军事训练、军资调配、军事建设、军事行动等职权。

（司礼监、都察院、锦衣卫、三司都是朱元璋时期就设立了的，其中司礼监权力当时还没有那么大，朱棣在朱元璋的基础上更进一步发展了这些行政机构。）

明朝的这一套从朝堂到地方，从明处到暗处的完善政治体制，让明朝的皇帝高度集权，执政效率还算不错。

地方官员想要造反非常困难。

不过也因为职权划分过细，也让曾经可以一肩挑的官职被划分成了好几个不同官职，官员数量增加，行政成本就不可避免地上去了。

行政支出高了，朝廷没法给官员们较高的薪水进行高薪养廉。

所以明朝相较历朝历代，官员的俸禄水平都是比较低的，就连职位不低的高官都生活拮据，甚至出现无法满足正常生活开支的情况。